財政部、國家稅務總局《關于貫徹落實<中共中央國務院關于加強技術創新，發展高科技，實現產業化的決定>有關稅收問題的通知》[財稅字（1999）273號]下發后，各地在執行過程中提出了一些問題。為了更好地貫徹落實中共中央、國務院有關文件精神，加強企業所得稅征收管理，經研究，現就有關問題補充通知如下：
一、科研機構轉制問題
（一）中央直屬科研機構以及省、地（市）所屬的科研機構轉制后，凡符合企業所得稅納稅人條件的，自1999年10月1日起至2003年底止，免征企業所得稅。
（二）前款所指科研機構不包括1999年10月1日以前已經轉制、已實行企業化管理和已并入企業的科研機構，也不包括所有從事社會科學研究的科研機構。
（三）享受上述企業所得是優惠政策的科研機構，需持轉制變更后企業工商登記材料報所在地主管
稅務機關，并按規定辦理有關減免手續。
（四）轉制的科研機構隸屬關系如有變更，變更后企業所得稅的收入歸屬、征收管理范圍、欠稅處理和稅務變更手續，比照《國家稅務總局關于國家經貿委管理的10個國家局所屬科研機構轉制后稅收征收管理問題的通知》[國稅發（1999）135號]的有關規定執行。
二、軟件開發企業的工資稅前扣除問題
（一）軟件開發企業實際發放的工資總額，在計算應納稅所得額時準予扣除。
（二）前款所指軟件開發企業必須同時具備下列條件：
1.省級科學技術部門審核批準的文件、證明；
2.自行研制開發為滿足一定用戶需要而制作用于銷售的軟件，軟件產品的形式是記載有計算機程序及其有關文檔的存儲介質（包括軟盤、硬盤和光盤等）；
3.以軟件產品的開發生產為主營業務，符合企業所得稅納稅人條件；
4.年銷售自產軟件收入占企業全年總收入的比例達到35％以上；
5.年軟件技術轉讓收入占企業年總收入的比例達到50％以上（須經技術市場合同登記）；
6.年用于軟件技術的研究開發經費占企業年總收入的5％以上。
三、社會力量資助科研機構、高等學校的研究開發經費稅前扣除問題
（一）社會力量對科研機構、高等學校研究開發經費的稅前扣除，是指企業單位（不含外商投資企業和外國企業）、事業單位、社會團體、個人和個體工商戶（下同），對非關聯的科研機構和高等學校研究開發新產品、新技術、新工藝的所發生的研究開發經費的資助。
（二）企業單位（不含外商投資企業和外資企業）、事業單位、社會團體在繳納企業所得稅時，經主管稅務機關審核確定，其資助支出可以全額在當年應納稅所得額中扣除。當年度應納稅所得額不足抵扣的，不得結轉抵扣。
（三）個人所得稅（不含偶然所得，經國務院財政部門確定征稅的其他所得）用于資助的，可以全額在下月（工資、薪金所得）或下次（按次計征的所得）或當年（按年計征的所得）計征個人所得稅時，從應納稅所得額中扣除，不足抵扣的，不得結轉抵扣。
（四）社會力量資助研究開發經費的支出，是指納稅人通過中國境內非營利的社會團體、國家機關向科研機構和高等學校研究開發經費的資助。納稅人直接向科研機構和高等學校的資助不允許在稅前扣除。
（五）企業等社會力量向科研機構和高等學校資助研究開發經費申請抵扣應納稅所得額時，須提供以下資料：
1.中國境內非營利的社會團體、國家機關出具的收到資助資金和用途的書面證明；
2.科研機構和高等學校研究開發新產品、新技術、新工藝的項目計劃；
3.科研機構和高等學校開具的資金收款證明；
4.稅務機關要求提供的其他相關資料。納稅人不能提供以上資料的，稅務機關不予受理。
四、本通知自1999年10月1日起開始執行。
國家稅務總局
